Tarmfloraen hjælper kroppen med at nedbryde fødevarer til mindre dele, så de bliver lettere for kroppen at optage. Tarmfloraen hjælper for eksempel kroppen ved at:

• nedbryde kulhydrater til fedtsyrer. Fedtsyrerne fungerer som næring for tarmens celler og som energi for kroppen, ligesom de også medvirker til at balancere stofskiftet.
• nedbryde proteiner til stoffer, som i visse tilfælde er biologisk aktive, for eksempel ved at være blodtrykssænkende.
• Visse bakterier i tarmfloraen producerer også vitaminer (vitamin K, B12, folsyre) og tilvækstfaktorer, ligesom de letter kroppens optagelse af mineraler.

Tarmfloraen bliver tættere og mangfoldigere jo længere ned i mavetarmsystemet, man kommer. Figuren angiver bakterieantallets størrelsesorden og giver eksempler på, hvor i kroppen forskellige bakteriearter forekommer.

Størstedelen af kroppens næringsoptag sker i tyndtarmen, mens tyktarmen indeholder flest bakterier.

Tyktarmen Over 100.000.000.000 (100 milliarder) bakterier per gram   Bifidobacterium Lactobacillus Bacteroides Clostridium Enterococcus Bacillus Streptococcus

Mavesækken Færre end 1.000 bakterier pr. gram   Bacteroides Lactobacillus Streptococcus   Tyndtarmen Mellem 100.000 og 10.000.000 (10 millioner) bakterier pr. gram   Lactobacillus Bacteroides Clostridium Enterococcus Bacillus Streptococcus